El lago Baggilt está situado en un entorno rodeado por todos lados por las cumbres nevadas de los Andes, cuya blancura contrasta con el verde del todavía virgen bosque andino-patagónico ubicado debajo. Se extiende de oeste-suroeste a este-noreste, en la parte superior de un estrecho valle glaciar. Este valle está dominado al oeste por las montañas de Cerro Cónico (de 2271 metros de altiud). Esta poderosa cumbre, ubicada a cuatro kilómetros del extremo oeste, por debajo de un glaciar que lo alimenta en parte. El lago se encuentra al sur del Parque Nacional Los Alerces. Sin embargo, un área especial protegida fue creada, cubriendo sus bancos y el bosque circundante, el Área natural protegida Lago Baggilt de 15 km². Está destinado a la conservación de las especies y la diversidad de la fauna y flora, dentro de las que se destacan los huemules y las lengas, respectivamente
