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Desde tiempos remotos esta región estuvo ocupada por grupos indígenas cuyos asentamientos se ubicaban en las lomas bajas, con sus tierras llanas cerca para poderlas trabajar. Se han hallado numerosos sitios y materiales arqueológicos, representados por piezas cerámicas y hachas de piedra pulida que guardan todas ellas relación con las sociedades que habitaron en toda la región de Yungas del Norte Argentino. Todo este territorio fue ocupado a partir del siglo XV por los Incas, quienes construyeron instalaciones en las que se evidencian en forma palpable los distintos aspectos de la organización social política y económica que los regía en su imperio, y en el que el significado ritual, simbólico, astronómico y político está presente y es parte medular de toda la cosmovisión incaica. En la actualidad toda esta región se encuentra habitada por comunidades collas, virtuales herederos de aquellos antiguos ocupantes del pasado.
Se encuentra ubicado en el sudeste de la Provincia de Jujuy, en el Departamento de Ledesma, sobre el faldeo oriental de las Serranías de Calilegua. Pertenece a la ecoregión de la selva de las Yungas o selvas de montaña del Noroeste argentino y Puna, siendo uno de los ambientes de mayor biodiversidad de nuestro país. Con el fin de protegerlo fue declarado Parque Nacional en el año 1979. Cuenta con una superficie de 76.320 has., y es el de mayor extensión del Noroeste argentino. Se accede por la RN 34 que transcurre al pié de las Serranías de Calilegua, pudiendo continuar por esta ruta hacia San Salvador de Jujuy, distante a unos 100 km. del Parque. Hacia el norte la 34 se dirige hacia San Ramón de la Nueva Orán, a 150 km de distancia. Entre las localidades de Libertador San Martín y Calilegua parte hacia el oeste la RP 83. Este camino de cornisa atraviesa el Parque, permitiendo recorrerlo hasta una altura de 1800 metros brindándonos una sorprendente belleza a cada paso.
El Parque posee un relieve quebrado con profundos cañadones labrados por arroyos y ríos de marcada pendiente debido a los cordones montañosos con picos de más de 3000 metros, sobresaliendo los cerros Hermoso, Amarillo, Morro Alto y la Serranía del Socavón. De ésta principalmente descienden numerosos arroyos y ríos, afluentes todos ellos de los ríos San Lorenzo y Ledesma en la zona sur, o en el río de Las Piedras en el norte, y finalmente todos ellos desembocan sus aguas en el río San Francisco, que a su vez desagua sus aguas hacia el noreste hasta confluir con el Bermejo.
La mayor parte del Parque está cubierta por la vegetación típica de las Yungas, que debido al difícil acceso se encuentra casi inalterable. La selva de transición es escasa y en sus partes bajas se encuentran vestigios chaqueños. La selva montana trepa hasta los 1800 metros, a partir esta altura comienza a desarrollarse el bosque montano, el cual ofrece densas formaciones de alisos y pinos del cerro y donde comienzan a aparecer los pastizales de altura.
En la selva de transición subsisten yaguaretés (foto), tapires y lobitos de río, pudiendo encontrar también murciélagos como el frutero chico oscuro refugiados entre las hojas de los árboles; también coexisten los murciélagos hocicudos, que tienen la particularidad de libar el néctar al tiempo que poliniza las flores resultando utilísimo para el mantenimiento de la flora autóctona. Entre los roedores abundan el acutí rojo y el tuco-tuco yungueño. En los pastizales de altura habita la taruca o huemul del norte, poseedor de coloración grisácea, algo menor a su pariente patagónico y también como este, en peligro de extinción. Normalmente llega al límite de las nieves perpetuas, bajando a los valles para su subsistencia en el crudo invierno. La avifauna está representada por cerca de 400 especies, entre las que destacan el tucán grande, la pava de monte alisera, el jote real, el batará gigante, el burgo y varias especies de picaflores y pájaros carpinteros. En la Sierra de Calilegua habita la rana marsupial jujeña.
La Intendencia de este Parque Nacional se encuentra en la localidad de Calilegua. Hay dos Seccionales de Guardaparques: Aguas Negras (foto) y Mesada de las Colmenas, ambas sobre la RP 83 que atraviesa el Parque. A pocos metros de la Portada se encuentra el campamento libre de Aguas Negras, sin servicios, y desde donde partes varios senderos:
Sendero Burgo: Adyacente al campamento, recorre la Selva Pedemontana en un tramo de 600 metros (Dificultad media)
Sendero al Mirador: Parte a 180 metros de la Seccional de Aguas Negras sobre mano derecha de RP 83. Se puede observar el valle del río San Lorenzo (también de dificultad media)
Sendero Tataupá: Sale a 2,5 km. de la Seccional de Aguas Negras, a mano izquierda de la ruta y recorre la Selva Pedemontana y se regresa por el cauce del arroyo Negrito (Dificultad alta)
Sendero a la Cascada: Comienza a 100 metros de la Seccional Mesada de las Colmenas. Subiendo por la ruta a mano izquierda, recorriendo Selva Montana llegando al arroya Negrito. Por éste, a 300 metros aguas abajo, en la unión con el arroyo Tres Cruces, se puede observar una pequeña cascada. El regreso se realiza por el mismo camino (Dificultad alta)
Para amantes de la aventura y las alturas, fuera del límite del Parque, existe un pequeño caserío llamado Alto Calilegua, al que sólo se llega a lomo de mula o a pié. En esta zona existen restos de fortificaciones incaicas. Otra alternativa de trekking puede ser acceder a las zonas altas del Parque, a los cerros Amarillo y Hermoso. Puede relizarse también una travesía de varios días comenzando en el Parque Nacional para llegar a la Quebrada de Humahuaca. Luego de abandonar los límites del Parque, se llega por la RP 83 a la localidad de Valle Grande, desde aquí se continúa a pié o a caballo hasta Tilcara o Humahuaca. Para concretar este tipo de travesía terndás que asesorarte en las oficinas de informes de la Administración de Parques Nacionales o a las agencias de viajes especializadas.